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2009U21歐洲國家盃是由瑞典主辦，共51個歐洲足協成員國參與今屆賽事，賽事分為初賽週及決賽週兩部份，身為主辦國的瑞典將直接晉身決賽週最後八強分組賽。

51支球隊將分成10個小組，每組5至6隊以小組雙循環得分制進行，每組的首名及最佳成績的4隊次名共14隊得以晉身附加賽。（若出現同分，則順序以同分球隊的對賽成績、得失球差、得球、作客入球、小組全部賽事的得失球差、得球及作客入球等決定出線席位）。

附加賽採取兩回合主客制，若兩回合相加比數相同，則以作客入球優惠計算，如果仍未分出勝負需加時，加時並不設黃金入球或銀球制，但計算作客入球優惠，若加時後仍然打成平手則以互射十二碼分勝負。

8支晉身決賽週的球隊將分成2組，以小組單循環得分制比賽，每組得分最高兩隊晉身四強（若出現同分，則順序以同分球隊的對賽成績、得失球差、得球、小組全部賽事的得失球差及得球等決定出線席位），由四強至決賽均採取一場決勝負的形式進行，若90分鐘內打成平手，需加時再決勝負，加時並不設黃金入球或銀球制，兩隊必須完成加時上、下半場各15分鐘的賽事，加時入球較多的一隊勝出，若加時後打成平手則以互射十二碼分勝負。