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首先40支次一级的球队进行第一圈资格赛，以两回合主客制进行淘汰赛，若第二回合法定90分鐘双方仍是不分胜负，随即进行银球制加时比赛，若仍是打和，则以互射十二码决定胜负；胜方得以进入第二圈分组赛。

　　第二圈分组赛以双循环主客得分制形式进行，胜方可获3分、双方打和各得1分及负方则无分，30队将被分成5组进行比赛，每组积分最高的一队(共5队)可晋身2010年南非举行的世界杯决赛周行列，若出现积分相同的球队，先以对赛成绩决定先后，若仍然未能分先后，以同分队之间的得失球差决定，仍然相同则以同分球队之间的入球数排名先后次序。

由于非洲足联将2010年非洲国家杯赛预选赛与世界杯预选赛捆绑进行，所以每组的前三名都将获得一年之后在安哥拉举行的非洲国家杯决赛阶段参赛资格。