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2013年U21欧洲青年国家杯是由以色列主办，赛事分为预选赛及决赛圈两部份，共52个欧洲足协成员国参与预选赛，身为主办国的以色列将直接晋身决赛圈。

　　52支球队将分成10个小组，每组5至6队以小组双循环得分制进行，每组的第一名及最佳成绩的4个第二名共14队晋身附加赛。（若出现同分，则顺序以同分球队的对赛成绩、得失球差、得球、作客入球、小组全部赛事的得失球差、得球及作客入球等决定出线席位）。

　　附加赛采取两回合主客制，若两回合总比分相同，则以作客入球优惠计算，如果仍未分出胜负需加时，加时并不设黄金入球或银球制，但计算作客入球优惠，若加时后仍然打成平手则以互射点球决定胜负。